H_epsilon_2 = Atom('h')
H_epsilon_3 = Atom('h')
C_epsilon = Atom('c')
C_beta = Atom('c')
H_delta_2 = Atom('h')
H_delta_3 = Atom('h')
C_delta = Atom('c')
N_zeta = Atom('n')
H_gamma_3 = Atom('h')
H_gamma_2 = Atom('h')
C_gamma = Atom('c')
H_zeta_3 = Atom('h')
H_zeta_2 = Atom('h')
H_zeta_1 = Atom('h')
H_beta_3 = Atom('h')
H_beta_2 = Atom('h')
bonds = [Bond(H_beta_2, C_beta), Bond(H_beta_3, C_beta), Bond(C_gamma, C_beta), Bond(H_gamma_2, C_gamma), Bond(H_gamma_3, C_gamma), Bond(C_delta, C_gamma), Bond(H_delta_2, C_delta), Bond(H_delta_3, C_delta), Bond(C_epsilon, C_delta), Bond(H_epsilon_2, C_epsilon), Bond(H_epsilon_3, C_epsilon), Bond(N_zeta, C_epsilon), Bond(H_zeta_1, N_zeta), Bond(H_zeta_2, N_zeta), Bond(H_zeta_3, N_zeta), ]
name = 'lys_sidechain'
pdbmap = [('LYS', {'2HG': H_gamma_2, '2HD': H_delta_2, '2HE': H_epsilon_2, '2HB': H_beta_2, '3HG': H_gamma_3, '3HE': H_epsilon_3, '3HD': H_delta_3, 'NZ': N_zeta, 'CD': C_delta, 'CE': C_epsilon, 'CG': C_gamma, '3HZ': H_zeta_3, 'CB': C_beta, '1HZ': H_zeta_1, '2HZ': H_zeta_2, '3HB': H_beta_3, }, ), ]
pdb_alternative = {'1HB': '3HB', '1HG': '3HG', '1HD': '3HD', '1HE': '3HE', 'HB2': '2HB', 'HB3': '3HB', 'HB1': '3HB', 'HZ2': '2HZ', 'HZ3': '3HZ', 'HD3': '3HD', 'HZ1': '1HZ', 'HG1': '3HG', 'HD2': '2HD', 'HG3': '3HG', 'HG2': '2HG', 'HE3': '3HE', 'HD1': '3HD', 'HE1': '3HE', 'HE2': '2HE', }
amber_atom_type = {H_gamma_2: 'HC', H_gamma_3: 'HC', C_delta: 'CT', N_zeta: 'N3', H_epsilon_3: 'HP', C_beta: 'CT', H_epsilon_2: 'HP', H_zeta_2: 'H', H_zeta_3: 'H', H_beta_3: 'HC', H_delta_2: 'HC', H_beta_2: 'HC', C_gamma: 'CT', H_zeta_1: 'H', H_delta_3: 'HC', C_epsilon: 'CT', }
